Bei deinem Gerät (Vitodens 300-W B3HB 19 kW) ist sowieso Speichervorrang* eingestellt, aber ja, die Speicheraufheizung sollte nicht die soeben begonnene Aufheizung des Hauses unterbrechen, sonst dauert letztere länger. Wenn ihr am Morgen WW mit Soll-Temperatur benötigt (?), dann besser die WW-Zeit so programmieren, dass sie ca. eine halbe Stunde VOR dem Heizbetrieb beginnt. Dann ist morgens der Speicher aufgeheizt. Wenn ihr dagegen erst am Abend WW benötigt, kannst du die WW-Bereitungszeit auch erst auf diesen Zeitpunkt programmieren (ca. eine halbe Stunde vor WW-Bedarf); das Haus ist dann bereits aufgeheizt, und einen Unterbruch der Beheizung von etwa einer halben Stunde merkt man nicht/kaum.
(*) Speichervorrang heisst, wenn die Regelung den Bedarf für eine Speicheraufheizung feststellt, wird immer zuerst der Speicher aufgeheizt, der Heizbetrieb (Raumbeheizung) muss warten.
Die Speicheraufheizung dauert so lange wie nötig: wenn der Speicher stark abgekühlt ist, dauert die Wiederaufheizung auf die gewünschte Soll-Temperatur länger, als wenn nur ein paar wenige Grad hochzuheizen ist. Es macht aber nichts, wenn die WW-Zeit "zu kurz" eingestellt ist - eine einmal begonnene Speicherladung wird, wie von °pa bereits erwähnt, immer zuende geführt, also auch, wenn sie erst 1 Minute vor dem programmierten WW-Ende begonnen hat. Während der programmierten WW-Zeiten überprüft die Regelung laufend, ob Bedarf für eine Speicheraufheizung ist (Beginn); ausserhalb dieser Zeiten tut sie das nicht (was aber nicht heisst, dass gar kein heisses Wasser mehr vorhanden wäre - es hat, solange es hat, resp. der Speicher kühlt immer mehr ab, wird nicht wieder aufgeheizt).
Was ist der Grund für die Frage, gibt es ein Problem?